Progenity mène des recherches en biotechnologie pour améliorer les soins aux patients : les opérations de séquençage génétique produisent des milliards de petits fichiers utilisés pour les tests de diagnostic, et tous sont hébergés sur la plate-forme de gestion des données de fichiers de Qumulo.

Progenity, Inc. est une société de biotechnologie qui fournit aux cliniciens des tests de diagnostic moléculaires et spécialisés complexes pour la santé des femmes, la médecine reproductive et l'oncologie. Progenity mène des recherches sur le séquençage génétique dans des domaines tels que les tests de porteurs génétiques, le dépistage du CFDNA et les tests de cancer pour encourager la diffusion de l'information et, en fin de compte, fournir à l'industrie des données qui conduisent à de meilleurs soins aux patients.

L'entreprise a été fondée en 2012, compte actuellement plus de 500 employés et connaît une croissance rapide. En plus de son siège social à San Diego, elle possède des laboratoires et des installations d'exploitation à Ann Arbor, Michigan et Dallas, Texas. Alors que l'entreprise continue de se développer, ses besoins en stockage de données continuent de croître de façon exponentielle. 

La croissance des charges de travail de séquençage génétique gourmandes en données nécessite un stockage efficace et évolutif pour des milliards de fichiers

Au fil des ans, les travaux de Progenity en séquençage génétique ont généré plus d'un milliard de fichiers. Selon David Meiser, architecte de solutions pour les applications Linux et Windows chez Progenity, « Ce rythme s'accélère. D'ici deux ans, nous pourrions avoir un autre milliard de fichiers.

Avec sa croissance rapide et ses flux de travail gourmands en données, Progenity savait que son ancien fournisseur de stockage ne serait pas en mesure de répondre à ses besoins futurs. «Après quelques années avec notre système de stockage d'origine, nous avons réalisé que la façon dont l'entreprise fonctionnait n'était pas un bon modèle pour nous», a déclaré Meiser, faisant référence à la fois aux coûts élevés et à l'efficacité du stockage.

« Un problème qui était toujours présent était qu'il y avait une surcharge de fichiers importante. Les fichiers que nous écrivons sont très petits et la taille des blocs de notre ancien système de stockage était très grande », a expliqué Meiser. « Nous avons constaté que nous ne pouvions pas effectuer d'analyse sur place car les temps d'accès étaient très élevés. »

Meilleure valeur de la densité des coûts pour les opérations de séquençage génétique avec un accès rapide sur site ou dans le cloud

Progenity a sélectionné la plate-forme de données de fichiers Qumulo pour les environnements de cloud hybride afin de remplacer son ancien fournisseur en 2016. Qumulo a été en mesure d'offrir une solution abordable pour Progenity, sans sacrifier les performances ou l'évolutivité. Le stockage Qumulo fonctionne également à la fois sur site et dans le cloud public, un autre avantage clé pour la migration planifiée de Progenity vers le cloud.

Selon Meisner. Architecte de solutions, « Qumulo gère très bien les petits fichiers, et cela revient encore une fois au coût car nous obtenons une meilleure densité de coûts. Même si nous payions le même gigaoctet de données sur Qumulo que pour notre ancien système, nous obtiendrions toujours un meilleur rapport qualité-prix.

Meiser a estimé que, de manière conservatrice, Progenity économisait 13 pour cent sur l’espace de stockage avec Qumulo par rapport à son fournisseur précédent, mais il a fait remarquer que les économies effectives sont probablement davantage entre 17 et 20.

Facteurs de réussite : visibilité en temps réel, prise en charge de plusieurs protocoles d'accès aux fichiers et accès facile au cloud 

La capacité de Qumulo à fournir visibilité en temps réel sur l'utilisation des données, y compris les points chauds et les inefficacités, s'est avéré être un avantage important. "Maintenant que nous l'avons, nous l'apprécions beaucoup. Alors que nous migrions du système hérité vers Qumulo, nous avons pu déterminer quels fichiers les personnes chargées de la recherche et du développement pouvaient supprimer afin de ne pas gaspiller de stockage.

La prise en charge par Qumulo des protocoles NFS (Network File System) et SMB (Server Message Block) est un autre avantage clé pour Progenity. Selon Meisner, «Nous devons pouvoir écrire des données sur SMB et les lire sur NFS. C'est notre grande histoire pour la façon dont nous analysons les données. »

Les données de Progenity proviennent des séquenceurs Illumina, qui fournissent des résultats directement au cluster Qumulo via SMB. Les données sont également copiées dans le cluster de calcul NGS (séquençage de nouvelle génération), qui comprend le stockage local utilisé pour l'analyse informatique à l'aide du protocole NFS.

La société prévoit de déplacer son cluster de calcul de séquençage de nouvelle génération (NGS) vers le cloud et d'utiliser Qumulo pour gérer son stockage cloud public sur AWS. La fonction de réplication continue de Qumulo garantit que les partages locaux seront tenus à jour. L'équipe du service client de Qumulo sera là pour assurer le succès.

"Nous avons été extrêmement satisfaits des réponses que nous avons obtenues de Qumulo à tous les niveaux", a déclaré Meisner. « L'un des principaux arguments de vente est d'avoir un canal Slack où je peux immédiatement contacter Qumulo Care pour tout type de question, qu'elle soit grande ou petite. Nous utilisons beaucoup cette fonctionnalité et nous l'aimons vraiment.

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